A organização foi criada por iniciativa de Louis Leakey no Quénia. Leakey foi o secretário da organização do 1° Congresso, que teve lugar em Nairobi, em Janeiro de 1947. Cinquenta e quatro (54) delegados oriundos de vinte e sete (27) países participaram no que era então conhecido como Congresso Pan-Africano sobre a Pré-História. Uma breve Constituição foi aprovada e publicada no Jornal Man (1947: 86-87). O pesquisador francês, padre Henri Breuil foi eleito primeiro presidente e o Dr. Robert Broom da África do Sul o primeiro vice-presidente.
Três sub-comitéses foram criados no 1o Congresso para abordar questões específicas das várias disciplinas: Os sub-comités foram definidos em função das seguintes disciplinas:
1 Geologia, Paleontologia Geral e Climatologia
2 Paleontologia Humana
3 Arqueologia Pré-Histórica
Os sub-comités mantiveram-se activos durante e entre os Congressos ao longo dos vinte anos que se seguiram. Eles resolveram uma longa série de disputas regionais de práticas, uniformizaram a terminologia e ainda contribuiram para forjar a nomenclatura científica Pan-Africana actualmente em vigor.
O efeito chave do I° Congresso, por exemplo, foi o primeiro acordo para uniformização do uso da terminologia para Idade da Pedra em toda a África. Embora a “Arqueologia Pré-Histórica” tenha sido sempre o foco primário de todos os congressos, a mistura de disciplinas representadas no I° Congresso contribuiu para que a organização passasse a ter, decididamente, um caracter multidisciplinar
Como J. Desmond Clark referiu no seu discurso no 8° Congresso:
“Antes de 1947, os arqueólogos em África trabalhavam usualmente em compartimentos estanques; frequentemente uma imensa distância separava um solitário trabalhador do outro e quase nunca se encontravam. O Congresso de 1947 foi significativo nesse sentido, porque pela primeira vez, juntou pré-históricos, paleontólogos e geólogos de um ponto ao outro do continente e serviu para providenciar um forúm de troca de informações e ideias”
Na realidade durante o IV° Congresso, a importância da multidisciplinaridade foi explicitamente reconhecida quando o nome da organização foi formalmente alterado para Congresso Pan-Africano de Pré-História e Estudos do Quaternário.
Os congressos subsequentes entrecruzaram o continente, com domínio do Inglês (1°, 3°,8°), outros em Francês (2°,4° & 6°) e um em Espanhol (5°). O Congresso nunca se deslocou para a África Lusófona, mas esperamos com antecipado prazer que isso aconteça num futuro próximo. Congressos recentes permitiram construir uma forte fundação herdada desde o I° Congresso, criando contactos entre estudantes, investigadores e profissionias através de África nas múltiplas disciplinas. O congresso contribuiu para forjar ligações e amizades que de outro modo não teriam existido e serviu ainda para facilitar e promover a colaboração inter-africana.
Difíceis problemas tem sido enfrentados e resolvidos por vários congressos. Em Dezembro de 1975 numa reunião entre congressos, em Casablanca, o Comité Permanente discutiu o projecto de uma nova constituição. A razão que levou a tal decisão deveu-se ao número crescente de intelectuais africanos que aderiam à organização, deste modo houve amplo consenso que dentro do continente a organização necessitava de se adaptar, para ir ao encontro dos interesses africanos. De maior importância, foi a necessidade de garantir que cidadãos nacionais de estados africanos ocupassem funções electivas e executivas dentro da organização. Como um dos membros especificou na altura: “Está mais que na hora dos cidadãos africanos se tornarem nos principais actores do seu próprio drama”.
Por esse motivo um comité especial, foi incumbido de apresentar o projecto da nova constituição. Esta circulou por todos os 216 delegados no VIII° Congresso realizado em Nairobi em Setembro de 1977 e todos foram convidados a comentar. A constituição final corrigida foi aprovada unanimemente na sessão plenária em Nairobi. Um novo nome foi adoptado para a organização revitalizada, passando esta a designar-se: Associação Pan-Africana para Pré-História e Estudos Relacionados. Entre outras alterações, foi estabelecido o posto de Secretário Permanente para assegurar a continuidade das funções da organização entre os congressos.
Os anos 80 foram os mais difíceis para o congresso. Devido a sérias dificuldades financeiras o congresso foi repetidamente adiado. Este período turbulento terminou em 1995, quando o Zimbabwe organizou o maior e o mais vibrante Congresso Pan-Africano da nossa história. Desde então, os nossos congressos tem sido regulares e bastante frequentados. O “Pan-Africano” é agora uma data chave no calendário de todos os que trabalham na pré-história e campos relacionados com esta em África.